本校は、石垣島のほぼ中央に位置し、県下最高峰の於茂登岳を背に、東に太平洋の大海原を南西には緑豊かな沃野を望み、自然に囲まれた小学校として、その自然を生かした教育づくりが行われている。校区は、1957年（昭和32年）沖縄本島の北谷村、玉城村と与那国町から入植した「於茂登」と戦前に地元の平得と沖縄本島の美里村、豊見城村などから移住した「開南」の二つの集落からなり、パイン・サトウキビ・花キ・野菜などの生産を中心とした純農村である。
本校は地域素材を活かし、野鳥観察を通して、野鳥の種類や特色、生活の様子などを知り、野鳥に対する見方や考え方などを深め、学校や地域の良さを見いだしたり、生き物に対する思いやりの心を育てたりして、自然愛護や環境保全に努めている。
2014年度は地域ぐるみで30年間に渡り取り組んできた野鳥観察が評価され、「環境省自然環境局長賞」を受賞している。