石垣中学校は部活動の盛んな学校で、部活動への加入を積極的に勧めており、約9割の生徒が参加しています。部活動を通して互いに励まし合い、目標を達成しようと努力することのすばらしさを体験し、そのような経験を通して友達とのきずなを強め、さらなる心身の成長を育むことを期待し部活動に参加することを勧めています。
その中でも野球部とサッカー部には多くの部員が所属しており、石垣中学校を代表する部活動と言えます。これまでにも過去の先輩たちが、様々な輝かしい成績をおさめてきました。また現役の中学生たちもそれに負けないようにと日々練習に取り組んでいます。
石垣中学校野球部は、「自分を信じて、仲間を信じて、笑顔で行くぞ！」をスローガンに日々練習に取り組んでいます。3年生が夏の大会を終え、引退した現在も2年生11名、1年生27名の総勢38名で石垣島の暑い太陽にも負けず元気いっぱい練習に取り組んでいます。
9月6、7日に行われたポカリスウェット杯八重山地区大会では、新チームで初めて八重山地区大会を制し、県大会への出場を決め、念願の県大会制覇へ向けて第一歩を踏み出しました。
チームの特色は、監督の新崎尚武先生を中心に、阿次富（1年）大底（2年）のバッテリーを中心にした堅い守りで失点を防ぎ、攻撃では少ないチャンスを確実に活かしていくことを心がけています。まだまだチームとしては未完成な部分も多く成長途中のチームですが、今後が非常に楽しみなチームです。
石垣中学校は昭和24年に創立され、今年で64年目を迎える八重山郡の中でも歴史と規模を誇る中学校です。現在は仲田森和校長先生を中心に、「平凡なことを非凡に続ける」をモットーに、あいさつ・時間・美化に取り組んでいる。
